 أولا: المقر الرئيسي
ويقع بالحسيسة (مقابل مدخل مدينة بور) – سيئون – حضرموت. ويضم كلا من: 

أ. رئاسة الجامعة
وتتكون من مبنى متكامل يضم مكاتب رئاسة الجامعة والمكاتب الإدارية التابعة لها بالاضافة الى قاعة كبرى مدرجة وأخرى صغرى.

ب. كلية أصول الدين 
وتتكون من مبنى متكامل يحوي سبع قاعات دراسية وقاعة كبرى ، بالإضافة الى مكاتب قيادة الكلية والمكاتب الإدارية التابعة لها ، كما تضم المرافق الاتية:
1- المسجد
2- المكتبة
3- السكن الداخلي
4- المطبخ
5- ساحات خضراء
6- الملاعب الرياضية
7- ولازالت المساحات قابلة للتطوير مستقبلا.

 ثانيا: فروع جامعة الوسطية الشرعية

1. كلية العلوم الشرعية والقانونية (المكلا – الريان)
تحتوي مبنى متكامل يضم ست قاعات دراسية وقاعة كبرى ، بالإضافة الى عدد من المكاتب الإدارية والمكتبة والسكن الداخلي الذي يستوعب أكثر من مائتي طالب قابل للزيادة ، الى جانب المسجد وسكن الأساتذة ، وتضم الكلية كلا من:
1- المسجد
2- المكتبة
3-السكن الداخلي
4- المطبخ
5- الملاعب الرياضية
6- ولازالت المساحات قابلة للتطوير مستقبلا.

2. كلية البنات (تريم)
انشأت كلية البنات بقسم الفقه وأصوله تابع لكلية العلوم الشرعية والقانونية, وبقرار مجلس الجامعة بدورته الاعتيادية (5) للعام الجامعي 2023-2022م بتحويل القسم إلى كلية البنات, الذي يضم عدة أقسام علمية مقابلة للبرامج الدراسية المرخصة للجامعة, كما أن الكلية مزودة بطاقم إداري وتدريسي نسوي, ومكتبة تابعة للكلية، ووسائل النقل الوافية لتوصيل الطالبات.

3. كلية الدراسات الإسلامية والعربية (عدن – الممداراة – بجانب ملعب 22 مايو)
وتتكون من مبنيين بثلاثة طوابق ، المبنى الأول للسكن الداخلي ، والمبنى الثاني يحوي ثمان قاعات دراسية الى جانب المكاتب الإدارية والمكتبة والمسجد وملحقاته ، حيث تضم الكلية المرافق التالية:
1- المسجد
2- المكتبة
3-السكن الداخلي
4- المطبخ
5- الملاعب الرياضية
6- ولازالت المساحات قابلة للتطوير مستقبلا.